2024年4月24日，新疆維吾爾自治區(qū)殘疾人聯(lián)合會《關(guān)于印發(fā)《新疆維吾爾自治區(qū)殘疾人兒童康復(fù)救助定點服務(wù)機(jī)構(gòu)管理實施辦法（試行）》的通知》經(jīng)過自治區(qū)殘聯(lián)和衛(wèi)生健康委對北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院的審核及綜合評估，正式確定為定點服務(wù)機(jī)構(gòu)，承擔(dān)國家和自治區(qū)殘疾兒童康復(fù)救治任務(wù)。
2022年11月18日，中國婦幼保健協(xié)會下發(fā)《中國婦幼保健協(xié)會關(guān)于公布第一批孤獨癥防治規(guī)范化建設(shè)示范單位、培育單位和建設(shè)單位名單的通知》（中婦幼便函（2022）462號），其中北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院被確定為第一批“孤獨癥防治規(guī)劃建設(shè)項目示范單位”，承擔(dān)孤獨癥防治規(guī)范化建設(shè)及培訓(xùn)任務(wù)。
2022年9月30日，我院收到《關(guān)于同意新疆維吾爾自治區(qū)兒童醫(yī)院加入福棠兒童醫(yī)學(xué)發(fā)展研究中心的復(fù)函》，經(jīng)福棠兒童醫(yī)學(xué)發(fā)展研究中心第二屆理事會審議通過，我院正式成為福棠兒童醫(yī)學(xué)發(fā)展研究中心第49家理事成員醫(yī)院。
2021年12月14日，為貫徹落實《國務(wù)院辦公廳關(guān)于建立現(xiàn)代醫(yī)院管理制度的指導(dǎo)意見》（國辦發(fā)〔2017〕67號）、《國務(wù)院辦公廳關(guān)于推動公立醫(yī)院高質(zhì)量發(fā)展的意見》（國辦發(fā)〔2021〕18號）和《區(qū)域醫(yī)療中心建設(shè)試點工作方案》（發(fā)改社會〔2019〕1670號）等有關(guān)文件要求，加快建立健全現(xiàn)代醫(yī)院管理制度，決定新增首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院等14家醫(yī)院為建立健全現(xiàn)代醫(yī)院管理制度試點醫(yī)院。????
2020年12月19日，國家區(qū)域醫(yī)療中心（籌建）揭牌，全面開啟國家區(qū)域醫(yī)療中心建設(shè)新篇章。合作期內(nèi)，以“北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院”身份及名稱開展各類工作。建設(shè)目標(biāo)是通過10年的努力，依靠輸出醫(yī)院北京兒童醫(yī)院在學(xué)科建設(shè)、診療技術(shù)、科研教學(xué)等方面的優(yōu)勢，將北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院打造成編制床位800張的“立足新疆、面向西北、輻射中亞”的國際區(qū)域性綜合兒童診療中心。承擔(dān)區(qū)域性教學(xué)培訓(xùn)、人才培養(yǎng)和兒科疾病臨床研究工作，成為新疆區(qū)域兒科醫(yī)學(xué)中心和醫(yī)療龍頭單位，形成資源完整、規(guī)模建制完善的兒科國家區(qū)域醫(yī)療服務(wù)體系。
根據(jù)黨中央、國務(wù)院的決策部署，將新疆納入了第一批“10+1” 國家區(qū)域醫(yī)療中心試點省份。2019年11月8日，在自治區(qū)黨委、政府的關(guān)心支持下，首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院與自治區(qū)人民政府確定合作協(xié)議，由自治區(qū)人民政府授權(quán)委托北京兒童醫(yī)院全面托管北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院，享有獨立事業(yè)法人資質(zhì)，北京兒童醫(yī)院對北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院擁有獨立自主運營權(quán)，北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院作為主體單位，建設(shè)國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心。
2018年1月，原新疆自治區(qū)衛(wèi)計委黨組組建新疆兒童醫(yī)院領(lǐng)導(dǎo)班子，新疆兒童醫(yī)院正式成立，相關(guān)籌建工作逐步推進(jìn)。
2018年11月，原衛(wèi)計委批復(fù)新疆兒童醫(yī)院為三級醫(yī)院。
2016年，新疆自治區(qū)黨委、政府決定：依托自治區(qū)人民醫(yī)院北院規(guī)劃建設(shè)新疆兒童醫(yī)院。
2005年10月18日，新疆自治區(qū)人民政府批復(fù)同意新疆交通醫(yī)院整體移交自治區(qū)人民醫(yī)院。2010年5月，更名為自治區(qū)人民醫(yī)院北院。期間，醫(yī)院以自治區(qū)人民醫(yī)院內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)運營。
1984年，經(jīng)新疆自治區(qū)人民政府批準(zhǔn)重新修建新疆交通醫(yī)院。1986年12月，新疆交通醫(yī)院門診部正式開診。經(jīng)過20余年的發(fā)展建設(shè)，新疆交通醫(yī)院成為一所以骨科為特色，集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防、康復(fù)于一體的二級綜合性醫(yī)院。
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